Известно, что после покорения Казани, формально вятские приходы находились в юрисдикции Казанской епархии (по крайней мере, южные территории).
Однако фактом остается и то, что Никольские протоиреи обращались непосредственно в Москву с различными ходатайствами в конце XVI- начале XVII веков, называя себя патриаршими приказчиками. В доказательство этому приводится предание о том, что преп. Трифон в Москве получает "добро" в 1580-1585 гг. на основание и устройство Успенского монастыря в Вятке.
В связи с этим вопросы:
1) Какие архиереи рукополагали священство и поставляли их на приходы в конце XVI - начале XVII веков на Вятские приходы?
2) Как и в каких документах фиксировалось назначение на приходы "попов, диячков, пономарей"?

Не Казанские, точно. Южные территории тогда к Вятке (Хлыновскому уезду) не относились. Московскому митрополиту подчинялись. Сохранились некоторые грамоты митрополитов, например митрополита Ионы. В Хлынов до образования епархии назначались митрополичьи, а позднее патриаршие наместники, точнее десятильники или старосты, они как-то этот вопрос и решали. Упоминается Аггей: https://ru.rodovid.org/wk/%D0%97%D0%B0%D0%BF%D0%B8%D1%81%D1%8C:1270875
И в 1646 г. в Хлынове записан "Двор патриярший съезжий для патриярших духовных дел".
Священники первое время были выборными. Но кто осуществлял рукоположение точно не знаю: десятильники или все-таки митрополит?