ДНК Вятских родов

352 сообщения / 0 новое
Последнее сообщение
TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Единственное НО, которое здесь будет: не получится просто так вступить в "проекты" FTDNA! 

Но мне, например, они пока так и не пригодились - все равно анализ делается самостоятельно (в любом случае интересно же самому все прочитать и понять) или с помощью сообщества Molgen.

Иван Зыков
Аватар пользователя Иван Зыков
Администратор

Не в сети
Последнее посещение: 1 час 41 секунда назад
Регистрация: 05.01.2011 - 21:04

А какие-то пути для "вступления" в проекты FTDNA могут быть вообще? И что они дадут?

Я так понимаю, у каждой лаборатории есть своя база для хранения маркеров и поиска потенциальных родственников? Или есть какая-то одна общая база, где можно зарегистрировать результат своего исследования?

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Теоретически можно импортнуть часть маркеров в FTDNA за отдельную плату (около $19 - внизу страницы) - как данные сторонней лаборатории, и после этого присоединяться к проектам FTDNA.

Насколько я понимаю, проекты предназначены просто для объединения людей, которые прошли тестирование. Ранее проекты были единственным местом для сбора классификации результатов и объединения по гаплогруппам или территориально, однако сейчас есть много и кроме них. Одной общей базы для тестированных в мире нет, но есть много разных, в которые вполне можно занести данные независимо от места тестирования (я упоминал уже YSearch, созданный FTDNA, а также Semargl - который ведется нашими согражданами - с ними можно связаться на Molgen) - и далее искать "совпаденцев". У YSEQ базы данных нет (это не их бизнес - они не этим привлекают покупателей), но в нектором виде "проекты" есть, хотя они совсем простые и скорее для квалифицированных исследователей, так как инструментов для обработки эти проекты сами по себе не имеют и скорее могут пригодиться просто для объединения данных.

Ещё полезное в проектах FTDNA - они позволяют получить небольшую скидку в FTDNA при заказе "через проект"!!! Только вот толку от скидки нет, если в YSEQ все равно получается ещё дешевле... А поскольку Thomas Krahn многое разрабатывал в том тестировании, которое выполняется в FTDNA (он специалист по SNP мирового уровня), когда там работал - то доверие его лаборатории по качеству вполне есть.

Иван Зыков
Аватар пользователя Иван Зыков
Администратор

Не в сети
Последнее посещение: 1 час 41 секунда назад
Регистрация: 05.01.2011 - 21:04

Перечитал некоторые сообщения и появились новые вопросы. Много вопросов. В частности, вот:

В общем случае, как я ранее писал, "аппетит приходит во время еды", поэтому результаты предикторов может захотеться потом подтвердить тестированием сперва одного снипа (SNP) - стоимость опять же там 14 евро (против $39 в FTDNA), и далее по аппетиту. Либо тестированием с использованием панели (если такая есть) - около 70 евро.

Как я понял, снип - это одна последовательность, то есть один STR-маркер (как правильно, SNP, или STR-маркер)? Мне этот механизм пока вовсе не понятен. Я попробую изложить своё видение, а Вы меня поправьте, пожалуйста. Количество маркеров при тестировании (12, 37, к примеру) - это то, сколько типов последовательностей будет анализироваться при тестировании. Как я понял, Y-хромосома состоит из неких повторяющихся последовательностей. И их много! Потому, чем больше маркеров раскодируется при тестировании, тем более точный тест получается в итоге. Но как определяется гаплогруппа верхнего порядка? Исследуются определённые выбранные случайно последовательности, а потом на основе имеющихся данных других исследований путём сравнения делается предположение о том, какая это может быть гаплогруппа?

В таком случае вопрос, тестирование одного снипа - это как? Один маркер? Или несколько? А зачем их тестировать ещё раз, если есть уже результат какой-то? Мне это всё пока не ясно.

Да, и что значит «тестирование с помощью панели»?

Тимофей, буду рад Вашему ответу!

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Очень хорошо, что есть вопросы! Я перед первыми своими заказами вообще больше года читал форум Молген (в том числе указанный в первом посте данноой ветки форума раздел Вопросы новичков) и прочие материалы в интернете. Можно очень много найти хороших статей на эту тему. Независимо от этого постараюсь сейчас своими словами очень кратко изложить основы того, что я понял.

ДНК - фактически это набор последовательно соединенных аминокислот (обозначаемых по первой букве: A - аденин, G - гуанин, T - тимин, C - цитозин). В процессе репликации ДНК при размножении могут происходить мутации - когда реплицирующий механизм делает ошибку при работе, и случайно заменяет одну аминокислоту на другую или вообще пропускает одну позицию, либо самовольно добавляет её. Как правило, такие мутации не оказывают никакого влияния на жизнь, но передаются потомству (рассматриваем сейчас по Y-хромосоме - она копируется от отца сыну)!

Как это обнаруживается на практике.

STR-маркеры (short tandem repeats). Это короткие повторы одной и той же последовательности аминокислот в ДНК, например, для STR-маркера DYS393 это повтор в цикле аминокислот AGAT в позициях с 3131128 по 3131246 Y-хромосомы. В маркере DYS393 эта последовательность может быть у разных людей повторена от 7 до 17 раз, то есть если 7 раз, то в ДНК в этом месте будет реально наличествовать AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT, далее идет сбой и что-то отличное от AGAT. Сами по себе STR-маркеры не определяют принадлежность к гаплогруппам, их просто проще и дешевле делать для тестов, ну и исторически видимо с них началось :) Но на основании набора STR-маркеров с помощью предикторов можно предсказать наличие точечных SNP, которые собственно и доказывают принадлежность к гаплогруппе.

SNP (single nucleotide polymorphism, снипы). Это точечные мутации аминокислоты на одной конкретной позиции. Например, представители гаплогруппы R1a имеют SNP по имени M420 (ну у них еще более 100 общих SNP, но хватит и одного). Этот SNP описывается изменением аминокислоты тимин на аденин в позиции за номером 23473201 Y-хромосомы. По идее, для того, чтобы по-правильному узнать принадлежность хотя бы к основной гаплогруппе, надо протестировать SNP по дереву последовательно ("от Адама"). Но такое тестирование будет в разы дороже тестов STR-маркеров...

 

Итак, если тестировать только STR-маркеры, то конечно, с какой-то долей вероятности можно получить информацию о принадлежности к гаплогруппам, сравнивая результаты с людьми, которые кроме STR-маркеров еще прошли и SNP-тестирование - но всегда только приблизительно! (хотя вероятность может быть и почти 100%, но не ровно 100%!!!). Причем чем больше STR-маркеров совпадет, тем более точный результат можно получить. НО: только если "совпаденец" прошел кроме STR еще и тестирование SNP !!!

Реально по 17 STR-маркерам и тем более 12 можно только очень приблизательно понять, в какой гаплогруппе надо будет искать родство. Но чрезмерное тестирование (67 или 111) часто не дает ничего дополнительного (кроме вероятности более близкого/дальнего родства с "совпаденцами"). Те же показатели близости, но гарантированно точные (практически 100%), можно получить, тестируя обоих сравниваемых на SNP по дереву (например, дереву YTree) - но так не у всех получается, поскольку SNP-тесты обычно дороже, чем STR.

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Еще дополнения: и STR-маркеры, и SNP - расположены в точно известных местах, это не случайные места - они выбираются на основании научных исследований, естественно. Исследования продолжаются, поэтому номерклатура гаплогрупп может меняться - но уже как правило не на верхнем уровне, а на нижних (скажем, не "верхняя" I2 изменится, а скажем I2b1 переименуется в I2a2а).

Что касается SNP-панелей. Тестирование SNP более дорогое, но как всегда при оптовом заказе и при унификации процесса всё становится дешевле. Например, часть людей принадлежит к группе R1a, причем еще более точно к R1a1a1b1a1, определяемой наличием SNP M458 (например, это предсказывается по STR, хоть и не доказано! для Лутошкиных). Однако, в дереве под снипом M458 находится еще куча веток - целое дерево M458. Представители этого дерева разбросаны фактически по всей Земле, с концентрацией в Европе. Однако, и старые и более детальные и более молодые ветки представлены и по России- попали они вероятно разными путями. Чтобы узнать, к какой именно ветке принадлежат Лутошкины, можно по-очередно заказывать снипы, но это будет очень дорого. Поэтому производители часто объединяют в набор все низлежащие снипы - те, которые ответственны за деление на веточки. И проверка по такому набору обойдется значительно (в десятки раз) дешевле, чем тестировать поштучно! Выглядеть панель может примерно как на рисунке ниже.

И по результатам тестирования по панели может так оказаться, что принадлежность уточнится с R-M458, что эквивалентно R1a1a1b1a1 - до R-YP728, который глубже чем R1a1a1b1a1b1c, то есть более чем на 3 позиции вглубь дерева.

Иван Зыков
Аватар пользователя Иван Зыков
Администратор

Не в сети
Последнее посещение: 1 час 41 секунда назад
Регистрация: 05.01.2011 - 21:04

Спасибо за информацию, буду думать! Почитал про Family Finder у FTDNA - довольно интересная всё же вещь.

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Да, FF это интересно, просто мне сейчас интереснее не ближних родственников найти, а заглянуть куда-то до 1000 года н.э. или чуть дальше, где нет или совсем мало документов :) FF этого не даст! Глубина поиска у FF небольшая - мне был бы интересен FF, если бы он анализировал раз в 50 больше снипов и давал бы не 6-7 поколений вдаль, а хотя бы 20-30 поколений (к тем же 1000 годам назад)... Но FF я в любом случае рассматриваю независимо - никто не помешает его сделать в FTDNA, когда он мне станет интересен. Но на SNP-анализе я точно буду экономить и делать в YSEQ - впрочем, так многие и на Molgen'е поступают.

Аналогично, BigY также интересен, но пока мне похоже не с кем сравнивать будет его результаты - может через 2-3 года или более.

skorolev

Не в сети
Последнее посещение: 1 год 8 месяцев назад
Регистрация: 03.11.2015 - 01:38

  TKalinin

Итак, чтобы заказать тест, следует просто на сайте YSEQ добавить в корзину панель Alpha-Beta, но перед этим справа внизу выбрать валюту Euro

Зарегистрировался там, не сразу нашел этот выпадающий список. Для таких-же тормозов как я - списочек Currencies находится в самом низу правой колонки на странице ДО заказа. Если уже перейти в корзину, этого списка нет - т.е. выбирать валюту надо до заказа.

Цены действительно сейчас очень привлекательные, хочу заказать родственникам и порекламировать в сообществах :)

 

skorolev

Не в сети
Последнее посещение: 1 год 8 месяцев назад
Регистрация: 03.11.2015 - 01:38

Иван Зыков

Почитал про Family Finder у FTDNA - довольно интересная всё же вещь.

Этот тест интересен если надо определить близкого родственника, ну и для любопытства - посмотреть свой "этнический состав". Хотя последнее - во многом условность, доверять там стоит "составляющим" свыше 10%.

Еще, можно изпользуя результат FF заказать на другом сайте за 5уе расшифровку по некоторым известным генам - типа вероятные болезни, реакция на лекарства, расовый тип, цвет глаз :)

Иван Зыков
Аватар пользователя Иван Зыков
Администратор

Не в сети
Последнее посещение: 1 час 41 секунда назад
Регистрация: 05.01.2011 - 21:04

Заказали сегодня с Димой Лысовым по Alpha-Beta в YSEQ! Чтобы не «палить» банковскую карту (или если её нет), оплатил Яндекс.Деньгами через тот же PayPal! Для этого нужно зарегистрироваться в Яндексе, пополнить кошелёк Яндекс.Денег и бесплатно получить виртуальную карту, которую и можно будет привязать к PayPal при оплате! После подтверждения получения карты в Яндексе смской придёт код CVC для подтверждения платежей. Срок действия карты — один год.

Alpha-Beta с доставкой и комиссией PayPal в итоге вышла 4 066,99 рублей каждая. Яндекс при оплате через PayPal комиссию не взял :). Но ещё раз напоминаю, что евро нужно выбирать ещё до заказа! Тогда и будет дешевле. Скидки действуют до 31 октября.

Если кто заинтересуется, отвечу на вопросы по оплате через Яндекс.Деньги.

Иван Зыков
Аватар пользователя Иван Зыков
Администратор

Не в сети
Последнее посещение: 1 час 41 секунда назад
Регистрация: 05.01.2011 - 21:04

Мне уже пришло уведомление на почту, что комплект для забора образца отправлен. Очень оперативно, а прошло с момента заказа чуть больше часа! Правда, я следом за заказом написал письмо, что нужно чуть поправить адрес доставки (забыл указать часть названия улицы), но это не критично, так как индекс почтового отделения указан, а там название этой улицы знают :).

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Ура, поздравляю!!! При оплате через PayPal я просто использую виртуальные карты, выпускаемые напрямую моим банком (делаю автоматически, вот и забыл упомянуть) - там в интерфейсе его интернет-банка есть такая услуга, стоит копейки.

Что касается оперативности - вероятно, письма уже они действительно уже подготовили и видимо сегодня отправят(у меня обычно на штемпелях потом был тот же день, как они сообщали об отправке). Что касается адреса - конечно, в итоге будут уже местные почтальоны разбираться - главное страна, индекс, город. Я щас посмотрел записи - в среднем доставка шла 4 недели (у меня было от 3 до 5 недель).

Сейчас вот читаю про mtDNA (для анализа по женской линии) - у YSEQ появились эти тесты, вот чего-то захотелось разобраться, а то их еще не делал. Но они не в скидках сейчас, так что и чуть позже смогу заказать. Рохоже, там надо будет по-полной тесты заказывать, иначе слишком мало информации (только тысячелетия - десятки тысяч лет).

skorolev

Не в сети
Последнее посещение: 1 год 8 месяцев назад
Регистрация: 03.11.2015 - 01:38

Иван Зыков

Alpha-Beta с доставкой и комиссией PayPal в итоге вышла 4 066,99 рублей каждая.

У меня с оплатой в евро с банковской карты привязанной к PayPal вышло 3818,36 руб. (56,5 евро). Похоже яндекс у вас где-то свой процентик таки отслюнявил.

Иван Зыков
Аватар пользователя Иван Зыков
Администратор

Не в сети
Последнее посещение: 1 час 41 секунда назад
Регистрация: 05.01.2011 - 21:04

У меня те же 56,5 евро! Но, возможно, причина кроется в другом обменном курсе? У меня вышло, что 1 Российский рубль = 0,0138923 Евро.

skorolev

Не в сети
Последнее посещение: 1 год 8 месяцев назад
Регистрация: 03.11.2015 - 01:38

В любом случае, цена очень привлекательная. Последний тест в FTDNA на 37 маркеров с доставкой мне обошелся в 147 долларов - заметная разница даже с учетом большой базы пользователей ФТДНА.

 

Иван Зыков
Аватар пользователя Иван Зыков
Администратор

Не в сети
Последнее посещение: 1 час 41 секунда назад
Регистрация: 05.01.2011 - 21:04

Вы тестируете уже не себя, я так понимаю? :)

skorolev

Не в сети
Последнее посещение: 1 год 8 месяцев назад
Регистрация: 03.11.2015 - 01:38

Да, я уж протестировал и свою мужскую линию, и предковую мужскую линию матери (те самые Котле(я)чковы ), сейчас понемногу тестирую предков жены. Благо там родственные связи хорошо знают и поле изучения намного шире :)

Иван Зыков
Аватар пользователя Иван Зыков
Администратор

Не в сети
Последнее посещение: 1 час 41 секунда назад
Регистрация: 05.01.2011 - 21:04

Буду ждать своих результатов. Если буду доволен и увлечён, то, чувствую, тоже стану оптовым покупателем наборов для тестирования :).

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Alpha-Beta с доставкой и комиссией PayPal в итоге вышла 4 066,99 рублей каждая.

 

У меня с оплатой в евро с банковской карты привязанной к PayPal вышло 3818,36 руб. (56,5 евро). Похоже яндекс у вас где-то свой процентик таки отслюнявил.

Не, здесь сыграл роль скорее обменный курс PayPal - как я писал выше, если видна надпись типа 1,00 RUB = 0.013831646 EUR, то надо на нее кликнуть, и в открывшемся окне сказать, что хотим, чтобы конвертацию валюты делал банк, выпустивший карту - обычно у них все равно лучше курс обмена, чем у PayPal.

Но справедливости ради следует сказать, что ни один человек, который впервые заказывал через PayPal, не смог никогда этого сделать - и так действо заказа слишком волнительно :)

VIP
Аватар пользователя VIP
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 3 месяца 1 неделя назад
Регистрация: 22.12.2014 - 22:06

Здравствуйте!

Я с вами. )  

Только что оплатил (карта Сбербанка привязана к PayPal). Вышло на 3970,82 руб. Теперь будем ждать.

Всем большое спасибо за информацию и разъяснения!

Иван Зыков
Аватар пользователя Иван Зыков
Администратор

Не в сети
Последнее посещение: 1 час 41 секунда назад
Регистрация: 05.01.2011 - 21:04

Ура! Наверное, скоро пора будет создавать свой подраздел на Родной Вятке о генетической генеалогии!

IrinaSh

Не в сети
Последнее посещение: 2 года 11 месяцев назад
Регистрация: 13.03.2016 - 20:37

А как долго хранится материал в YSEQ? Можно будет, к примеру, через несколько лет из него же сделать еще какой-нибудь анализ?

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Как сказано в FAQ у YSEQ, они хранят образцы ДНК так долго, пока Вы не попросите их его уничтожить (by default we store your DNA as long as you don't tell us to destroy it). По отзывам на molgen для них были прецеденты повторных анализов через пару-тройку лет, когда появлялись новые снипы (SNP) (вообще компания молодая ведь - кажется, они с 2013 года работают). В любом случае следует учесть важную вещь: при хранении образцы ДНК в любом случае подвергаются деградации (просто от времени) - и через 10-30 лет могут быть уже малопригодны для исследований независимо от существующих способов хранения и компании. На форумах также встречался совет - для престарелых родственников лучше сразу заказывать 2-3 набора образцов, чтобы хранимое количество ДНК было больше (уж не знаю, поможет это или нет - я не обладаю достаточной компетенцией) - полагаю, что тут тоже всё-таки будет ограничение по общему времени хранения из-за тех же естественных причин.

Ещё что касается YSEQ - насколько мне известно, её владелец, Томас Кран, в свое время участвовал в разработке системы хранения образцов и в FTDNA, так что по крайней мере у YSEQ оно не хуже, чем в FTDNA, а про них где-то встречалось упоминание в 25 лет хранения.

Дополнение: по информации с Molgen, одного высланного в YSEQ образца хватает примерно на 100 тестов (по 50 на каждую щетку). Полагаю, тест - это один STR или SNP. То есть 2 панели STR + панель SNP (если  есть), либо набор 10-30 SNP точно получится.

Еще соображение: для новых тестов mtDNA (по женской линии), особенно для полного теста, лучше всего использовать "свежие" образцы, то есть те, которым полгода-год. Это мое мнение на основении чтения форумов, постараюсь найти подтверждения от специалистов чуть позже. Дополнение к этому: подтверждений не нашел, вероятно, где-то когда-то встретил некорректную информацию и требования к mtDNA такие же, как и к Y-DNA.

IrinaSh

Не в сети
Последнее посещение: 2 года 11 месяцев назад
Регистрация: 13.03.2016 - 20:37

Тимофей, спасибо за подробный ответ, тема очень интересная.

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

К вопросу о

чувствую, тоже стану оптовым покупателем наборов для тестирования

Сегодня поискал по Кирову, и обнаружил, что там тестовые наборы оптом проще купить, чем в Москве :)   Тестовый набор, насколько я понимаю, представляет собой 2-е стерильных щетки, каждая в стерильном же пакете. Изучение вопроса еще раньше показало, что это - цитощетки тип Д, в Кирове и щетки и стерильные пакеты нашлись сходу в центре города (о реальном наличии не узнавал): цитощетка одноразовая и пакеты для стерилизации. Цена вопроса в расчете на 100 человек (2 щетки + 2 пакета): 1900 рублей (то есть 19 рублей на человека :) Менее 100 наборов все равно будет не купить, так как пакеты и щетки продаются обычно пусть и малым, но оптом.

Разумеется, так можно поступить, только списавшись предварительно с YSEQ (но, насколько мне известно, они не будут против - по отзывам на molgen, они принимают даже одноразовые ватные палочки как средство для получения образцов, хотя для ватных палочек количество ДНК, видимо, поменьше и похуже).

Думаю, это может быть актуально при массовом тестировании при условии связи с YSEQ (ну типа как раз для более-менее больших проектов). Кроме того, это избавит от теоретической возможности потери тестовых наборов на пути из Германии в Россию (ну мало ли что на почтовом пути может быть) и может снизить общее время теста на месяц (ну пока ждем тестовый набор...). Ведь даже если их из Кирова рассылать почтой по области, то обычные письма будут идти едва ли больше недели против месяца из Германии!

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Дополнение: тогда не нужно будет оплачивать кит (при заказе надо будет использовать кодовое слово IDONTNEEDAKIT, аналогично тому, когда для уже присланных образцов заказываются дополнительные тесты), и это сэкономит почти 4 евро, то есть около 250 рублей. Как раз чуть больше стоимости отправки набора обратно в Германию (заказным мелким пакетом). Но конечно, будет некоторая работа для того, кто будет распределять такие наборы!!!

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Появился интересный австралийский стартап Genomix, который менее чем за 200 долларов США (200 австралийских долларов тест и 35 австр. долл - пересылка теста) обещает за год (к концу 2017 года) выполнить заказавшим полногеномное секвенирование (все 23 хромосомы, около 3 млн. пар нуклеотидов). Это может быть лишь чуть хуже по качеству (3 млн. пар против объявленных 3,8 у Fullgenomes), чем полногеномное секвенирование у компании Fullgenomes (но там оно стоит почти $1500). По срокам - Fullgenomes делает тесты тоже не быстро - примерно полгода...

На сайте австралийского универститета Сиднея этот стартап действительно числится. Отзывов, естественно, пока нет - это новая компания.

Внимание - так же, как и при полногеномном секвенировании у Fullgenomes или полном секвенировании Y-DNA в FTDNA, часть данных может быть не прочитана! Чаще всего заказавшие полногеномное секвенирование, часто заказывают потом и отдельные SNP в YSEQ из непрочитанных областей (не все данные при полном секвенировании прочитываются - чтение идет "по кусочкам", некоторые кусочки просто не попадают в прочтение случайным образом).

Genomix не предлагает обработку результатов, они предоставят только "чистые" данные о прочитанном геноме. Дополнительную обработку надо будет делать самостоятельно (в принципе, несложно), а также можно пользоваться платными сервисами других компаний, такими как российская YFull для обработки данных Y-ДНК. В чем польза полного прочтения генома - на основе данных иных хромосом можно также извлекать данные о здоровье (склонности к болезням) и вообще кучу всего.

Нашел "одно но": Ваши данные в обезличенной форме могут быть предоставлены иным исследователям ДНК.

skorolev

Не в сети
Последнее посещение: 1 год 8 месяцев назад
Регистрация: 03.11.2015 - 01:38

Появился интересный австралийский стартап Genomix, который менее чем за 200 долларов США (200 австралийских долларов тест и 35 австр. долл - пересылка теста) обещает за год (к концу 2017 года) выполнить заказавшим полногеномное секвенирование

По-моему, слишком хорошо, чтобы быть правдой. Сразу вспомнился стартап той девицы, что обещала "все анализы крови"  супер-чипом и с одной капли. Оказалось надувательством, но успела получить финансирование из бюджета США.

В общем, лично я подожду год-другой - пока эта фирма репутацию наберет :)

vbob
Модератор

Не в сети
Последнее посещение: 4 недели 1 день назад
Регистрация: 30.04.2013 - 20:20

Последний тест в FTDNA на 37 маркеров с доставкой мне обошелся в 147 долларов

Заказал такой-же ~месяц назад (+mtDNA Plus по акции), пришло за 15 дней, столько же обратно.

Поставили в очередь на 30.11-14.12

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Про стартап с низкими ценами. На самом деле эта информация скорее про то, что цены на генетическое тестирование падают гораздо быстрее, чем это происходит с ценами на микроэлектронику по закону Мура. И да, я тоже не доверяю неизвестным компаниям и как-то писал, что полногеномное тестирование буду рассматривать только через несколько лет (вероятнее всего лет через 5 полногеномное тестирование обойдется не более 100 долларов). Но вот предков лучше не откладывая хоть как-то тестировать уже сейчас - время бывает слишком безжалостно.

 

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Дополнение: это вполне может быть и не лохотрон (см. обсуждение на molgen) - реальными спонсорами и заказчиками могут выступать корейцы из Macrogen - у них сейчас как раз ведутся массовые исследования 100 тыс. геномов в Азии плюс они работают над системами диагностики предрасположенности к раку и пр. - деньги у них вполне есть для того, чтобы сколько-то заплатив (не так много для такой компании: 500-1000 геномов - это несопоставимо со стоимостью секвенирования 100 тыс. геномов), собрать выборку данных ДНК по всему миру, отработать технологии сбора образцов и работы с разными пользователями, ну и такая выборка всегда пригодится им при массовых исследованиях даже для целей тех же 100 тыс. геномов в Азии (чтобы было с чем сравнивать).

Но вот меня как раз пока не устраивает возможность поделиться полными данными о геноме с неизвестными мне исследователями... Хотя на molgen народ разошелся и уже заказывает тесты в этом новом стартапе (в том числе те, кто делал BigY в FTDNA и т.п. - как я писал ранее, любой "полный" тест может какие-то области генома случайно не охватить).

skorolev

Не в сети
Последнее посещение: 1 год 8 месяцев назад
Регистрация: 03.11.2015 - 01:38

Почитал тему на молгене - скорее всего не лохотрон конечно. Но это именно стартап, и с сильным элементом краудфандинга - до 31 декабря им нужно 500 заказов, иначе деньги возвращаются. Далее, насколько я понял из обсуждения, там нет какой-то новой технологии - они надеются компенсировать разницу в стоимости от "спонсоров". А скорее, учитывая условие о передачи анонимных результатов для исследования - фактически продавать их "спонсорам". В целом-то идея неплохая - граждане и ученые взаимно спонсируют друг друга, делят расходы на исследование генома пополам :) И меня даже не смущает передача моих геномных данных - пусть изучают.

Но, суммируя стартап+краудфандинг+"ищем спонсоров" получаем высокий риск. Какой там процент успешных стартапов? Т.е. даже набрав 500 нужных заказов ребята запросто могут через год развести руками - "ну не шмогла!" - просто потому, что не учли какие-то риски.

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Про доставку тестов ДНК из/в YSEQ. Вчера вроде была доставка большой партии почтовой корреспонденции из Германии в Москву (пока лишь в аэропорт - и на таможню). Прохождение таможенного оформления может занять 2-3 дня, если там нет "завалов", потом еще около недели - сортировка в узловых центрах и доставка по городам России. Так что есть шанс, что в этот раз доставка может уложиться в 3 недели (конечно, едут ли тестовые наборы в этой доставке или будут в следующей достоверно неизвестно, просто по времени уже пора бы).

Ещё раз про отправку теста обратно - лучше всего её сделать вскоре после сбора тестового материала, не откладывая. При оформлении обратной отправки на почте я использую их стандартный пластиковый конверт (размер около 16*23 см, стоимость 20 руб.).

На почте же прошу дать и наклеиваю на конверт слева внизу небольшую зелёную форму CN22 (краткую форму, а не "большой вариант" таможенной декларации CN23 - она для коммерческой или сложной отправки из многих предметов) и всё отправление оформляется как заказной мелкий пакет (если пересылаются не документы, а какие-то предметы, то надо отправлять именно так - мелким пакетом, а не письмом). Если на почте будут говорить, что предметы отправляются только посылками или бандеролями - то это неправда, да и стоить тогда будет гораздо дороже... На таможенной форме CN22 отмечается галочкой только пункт Gift (Подарок), в поле Количество и подробное описание (поле №1) пишется "2 plastic brushes" (перевод на русский: 2 пластиковые щетки писать не надо!). Указывается вес (около 0,01 кг) в поле №2 и стоимость (она только для оценки на таможне - я указывал 1 EURO) в поле №3. Внизу в поле №8 - дата и подпись. Устрашающих надписей про присутствие ДНК делать нет необходимости - это на почте никому не интересно. На сам бланк можно заранее посмотреть, скачав его со страницы Почты России (заполнять поля не требуется - они там не очень корректно вставляются в бланк - надо просто нажать внизу на кнопку Скачать бланк) - и лучше не заморачиваться с распечаткой, а взять фирменный зелёного цвета на почте. При правильно заполненном бланке (Подарок + поля 1, 2, 3 и 8 как описано выше) отправление на таможне проходит только рентген-установку за 5-30 сек. Если бланка CN22 нет или он заполнен сильно неправильно (или если щетки пробовать отправить обычным письмом), то отправление могут вскрывать на таможне - а это значит наличие задержки в доставке (запретить там нечего, так что доставят все равно, но если это ещё и просто письмо, а не мелкий пакет, то могут и вообще развернуть или "потерять").

Стоит такая отправка при оплате наличными 241,9 рублей, но если попросить оплатить марками и наклеить их на конверт, то такие марки надо наклеивать только на сумму 205 рублей (при оплате марками стоимость будет меньше на величину НДС - она тогда не взимается). Если надо ещё сэкономить, то отправляется просто мелким пакетом, не заказным - тогда при оплате марками это стоит только 110 рублей... Но если пакет Заказной, то на чеке или в квитанции обязательно должен быть номер отправления, который выглядит как набор букв и цифр (типа RA111111111RU) - по этому номеру можно будет потом отслеживать его судьбу на сайте Почты России.

Иван Зыков
Аватар пользователя Иван Зыков
Администратор

Не в сети
Последнее посещение: 1 час 41 секунда назад
Регистрация: 05.01.2011 - 21:04

Спасибо за подробную инструкцию!

vbob
Модератор

Не в сети
Последнее посещение: 4 недели 1 день назад
Регистрация: 30.04.2013 - 20:20

из Германии в Москву … доставка может уложиться в 3 недели …

Ещё раз про отправку теста обратно… Если надо ещё сэкономить, то отправляется просто мелким пакетом, не заказным - тогда при оплате марками это стоит только 110 рублей..

1. почему такой большой срок - Европа же?
2. из серии "вредные советы", или как сэкономить 100 руб.

 

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

1. почему такой большой срок - Европа же?

Уж не знаю, как оно все работает и почему такие сроки - скорее просто констатирую факты о наблюдаемых ранее сроках доставки. Кстати, на Почту России грешить уже трудно - по Германии доставка занимает лишь чуть меньше времени (основное - таможни (причем наша работает быстрее) и доставка между границами стран). Вообще же есть и более быстрые способы доставки - например, DHL, но они уж больно дорогие.

Интересно, что из Германии в Россию доставка занимает 3-4 недели, а вот обратно из России в Германию - 2-3 недели. Причем задержка на первом пути - на стороне Германии (видимо, транспортные компании собирают большие партии - капиталистам же это выгоднее - получается надо реже загружать самолеты).

2. из серии "вредные советы", или как сэкономить 100 руб.

Да, это конечно перебор. Но насколько я понимаю, особо разного отношения на почте к заказным и незаказным отправлениям нет - потеряться может любое (а Германия так вообще часто не заносит данные о доставке заказных отправлений - так, у меня до сих пор некоторые мелкие пакеты числятся недоставленными, да и обратно не вернулись, а реально тесты просто уже давно обработаны).

А если нет разницы - зачем платить больше? Если речь пойдет о десятке тестов, то по 100 руб. с каждого позволят уже сэкономить на один SNP-тест.

 

vbob
Модератор

Не в сети
Последнее посещение: 4 недели 1 день назад
Регистрация: 30.04.2013 - 20:20

Если речь пойдет о десятке тестов, то по 100 руб. с каждого позволят уже сэкономить на один SNP-тест.

Ок. Получил вчера результаты с FTDNA, с момента моего заказа прошло всего 2 мес. и 10 дней.

По Y как и предполагалось - R (M-198), mt - U4. 

Вижу, что Вы, Тимофей, уже остаточно "подкованны" в этом вопросе, чтобы посоветовать, как поподробнее разораться и куда двигаться дальше.

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Владимир! Поздравляю с первыми результатами! Я все-таки не спец в этой сфере. Очень рекомендую почитать форум molgen.org. Что же касается моих знаний - дальнейшие шаги зависят от деталей Ваших результатов. Прежде всего, отмечу, что Ftdna консервативна в прогнозах и M198 это очень крупный уровень. Попробуйте обработать Ваши данные предиктором nevgen.org - если он уточнит r1a или r1b, то в нем же в настройках надо выбрать конкретную группу и ещё раз запустить обработку. Еще - если у Вас готовы всего 12 маркеров, то нужно будет расширить до 37-67...

 

Что касается mtDna, то тут 100% я бы советовал почитать molgen - моих знаний там пока мало.

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Что-то я "торможу". M198 это R1a, так что в пркдикторе nevgen.org в настройках (слева вверху где "ползунки") надо выбрать R1a and subclades.

Ещё важное замечание: каждый человек рано или поздно решает вопрос: готов ли он какие-то результаты делать публичными и в каком объеме - все, либо конечный результут, либо вообще никакой. Понять это важно, так как все-таки, это какие ни есть, но персональные данные. Хотя я не знаю способов причинения вреда кому-то на этих данных.

В любом случая я бы рекомендовал добиться каждому понимания своих данных, невзирая на мнение "экспертов" - это просто очень интересно - самому разобраться!

vbob
Модератор

Не в сети
Последнее посещение: 4 недели 1 день назад
Регистрация: 30.04.2013 - 20:20

Спасибо, Тимофей. 

Делал 37 маркеров.

На сайте familytreedna по 25 и 37 совпадений не найдено, на 12 маркерах - 8 совпаденцев, поляки-финны. Загрузил на ysearch. Зарегистрировался на молгене.
Потихоньку буду разбираться.

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

"Полных" совпаденцев немного шансов найти на 37 маркерах - да и не нужно - достаточно уровня в 3-5 различий. То есть лучше дистанция в несколько отличий на 37, чем полное на 12.

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Увидел данные Владимира в ysearch - очень интересные данные! Ysearch по ним мало даст "совпаденцев" - надо будет искать по проектам ftdna или попросить на molgen занести их в базу semargl.

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Заметки о поиске "совпаденцев" с помощью YSearch. Сперва снова немного теории. Поиск "совпаденцев" по STR-маркерам возник первым и пока еще используется (полагаю, уже не более 5 лет ему осталось в связи с удешевлением технологий). Предполагается, что люди, у которых STR-маркеры имеют близкие значения, могут быть близкими (в какой-то степени) родственниками. 

Посмотрим же на поиск "совпаденцев" по STR-маркерам с помощью YSearch. Последовательность STR-маркеров записывается в оговоренном ранее порядке (в настоящее время принят порядок маркеров FTDNA, если порядок иной, то маркеры отдельно обозначаются). Так, для 12 первых маркеров порядок такой:
DYS393  DYS390  DYS19/DYS394  DYS391  DYS385a  DYS385b  DYS426  DYS388  DYS439  DYS389-1 DYS392 DYS389-2
Например, последовательность 13 25 16 10 11-14 12 12 10 13 11 30 означает, что маркер DYS393=13, а следующий DYS390=25 и т.д.

Понятие "дистанция". Это лишь просуммированное количество отличий в значениях маркеров. Например, для 12 маркеров наши показатели были получены такие:
13 25 16 10 11-14 12 12 10 13 11 30
А сравниваем с кем-то, у кого они отличаются:
13 24 16 10 11-14 12 13 10 13 11 30
Видим, что 2 значения отличаются каждое на 1 - в сумме, "дистанция на 12 маркерах"  будет 2.
Аналогично дистанция будет 2, если сравнивать будем со значениями, у кого только 1 маркер отличается на 2 единицы:
13 25 16 10 11-14 12 12 10 13 11 28
При этом обязательно указывается, для какого количества маркером проводится сравнение. Так, 1 отличие на 12 маркерах предположительно эквивалентно дистанции в 6 для 67 маркерах (ну просто пропорция по количеству (если разделить 67/12=5.58) - на самом деле там посложнее, но в первом приближении можно считать простой пропорцией).

Итак, один из способов поиска - поиск по общей "дистанции". На закладке Search for Genetic Matches вводим либо номер нашего кита (который занесли на YSearch), либо там же по ссылке вводим данные вручную и нажимаем кнопку Search. Разумеется, надо будет заполнить капчу, чтобы доказать, что не робот. Но кроме этого важно понять, что мы ищем - а на этой следующей странице как раз есть разные варианты поиска.

По умолчанию там стоит пункт Show users that tested at least 8 of the markers that I did - показывать пользователей, которые протестировали как минимум 8 маркеров, которые есть и в наших данных. Искать на 8 маркерах - это почти прошлый век, ведь это лишь позволит определить гаплогруппу R, например, без деталей (ну или совпаденцев на каком-то континенте, без страны даже). Полагаем, что мы сделали 37 маркеров. И тут нам по 8 маркерам искать совпаденцев как-то странно, будем искать среди тех, кто сделал хотя бы 17 или лучше 25 маркеров. Ставим в это поле 25 маркеров.

Далее, пункт maximum genetic distance (максимальная генетическая дистанция) - то, что я чуть выше описывал. Предположим, что на 25 маркерах мы ожидаем отклонений в сумме только в 4 единицы - выбираем 4 в данном пункте и, доказав, что мы не робот, выполняем поиск.

Теперь смотрим и поражаемся - где попало живут "совпаденцы" и мало у кого группа определена далее чем главная гаплогруппа, например, R1a или даже просто R.
Тем не менее, даже полученные данные на самом деле позволят немного побольше определить, если приложить немного нестандартных усилий. Заходим в каждого "совпаденца" и скармливаем его данные (вручную) например, предиктору nevgen.org. Если у нас было 6 "совпаденцев" и у 4 из них предсказывается группа Z280, то это уже будет основанием того, чтобы заказать SNP Z280 (пока только один) для подтверждения - а далее, если подтвердится, то уже ZNP-пак Z280, который позволит определить более точное положение на "дереве".

Тем не менее, такая "общая" генетическая дистанция - не единственный способ искать "приближенцев". На примере наших 12 маркеров:
13 25 16 10 11-14 12 12 10 13 11 30
Дистанция в 4 единицы будет как у
14 25 15 11 11-13 12 12 10 13 11 30 (изменены 4 маркера)
так и у
13 22 16 10 11-14 12 12 10 13 11 30 (изменен только 1 маркер - это вообще могло произойти за 1 мутацию - за 1 раз)

Но есть же случаи, и их больше, когда не 1 маркер сильно изменяется, а много маркеров, и всего на 1 (единицу) каждый. Поэтому следующий поиск делаем уже с другими условиями - поищем пользователей, которые сделали по крайней мере 30 маркеров из тех 37, что мы сделали. Выбираем для этого Show users that tested at least 30 of the markers that I did, а также пункт maximum genetic distance of 1 per marker compared above 30 markers (максимальная генетическая дистанция в 1 на каждый из этих 30 маркеров). И снова получаем - совсем другой список. Для него также для каждого пользователя можно вручную обработать данные в предикторах и также посмотреть на результатирующую статистику.

И если и тут, например, группа Z280 выйдет на первое место - то на нее и надо будет обратить внимание.

Дмитрий Лысов
Аватар пользователя Дмитрий Лысов
Модератор

Не в сети
Последнее посещение: 1 день 14 часов назад
Регистрация: 11.10.2011 - 12:27

Получил 2 щеточки из YSEQ из Германии! Прошло 23 дня от даты отправки. В письме было 2 листа А4, 2 щетки, обратный адрес с клейкой стороной. Сегодня отправил образцы обратно. Заполнил все, как рекомендовал Тимофей (см. выше), проблем не возникло. Отправил обратно заказным мелким пакетом (обычный конверт, на почте выдали для заполнения маленькую форму для таможни CN22; место доставки - приклеил адрес из присланного письма, свой адрес указал также латиницей, вложил цитощетки внутрь). Стоимость вышла 241,90 руб. Пробу брал тщательно:), просушивал 1,5 часа:). Вес конверта вышел 10 гр.

Конверт из YSEQ с обратной стороны. Щеточки оценены в 4 евро:) (я указал 1 евро как предложил Тимофей).

Единственное, что я не соблюл - конверт взял бумажный обычный, а не пластиковый (проглядел эти сведения), про марки, соответственно, тоже проглядел (а так была бы экономия 30 р.).

VIP
Аватар пользователя VIP
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 3 месяца 1 неделя назад
Регистрация: 22.12.2014 - 22:06

Здравствуйте!

Тоже получил конверт. Заказывал 30.10, а пришло 17.11. Анализы постараюсь отправить на этой неделе.

А как правильно набирать материал? Получается водить щеткой по внутренней стороне щеки сверху вниз покручивая вдоль оси? 

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Поздравляю Дмитрия!

Кстати, судя по штемпелю, письмо пришло в Киров еще днем 10 ноября? Это уж совсем быстро получается для доставки между странами, но видимо потом где-то блуждало уже по Кирову (или просто отдыхало после поездки)...

Насчет конверта - думаю, никакой разницы, бумажный или пластиковый. Внутри щеточки вполне себе стерильно лежат.

Если заказное отправление, то на чеке должен быть код (типа RA1111111RU), по которому можно отслеживать доставку (лучше напрямую на сайте Почты России, чем на посторонних сайтах).

TKalinin
Активист

Не в сети
Последнее посещение: 8 месяцев 1 неделя назад
Регистрация: 30.10.2014 - 23:08

Никакой иной информации как собирать материал, кроме инструкции, нигде не встречалось.

Но судя по косвенной информации (с molgen.org), ни у кого проблем в итоге не было - видимо, можно по-разному водить кисточками и все равно нужный материал соберется.

vbob
Модератор

Не в сети
Последнее посещение: 4 недели 1 день назад
Регистрация: 30.04.2013 - 20:20

 как собирать материал…

Ради интереса посмотрел инструкцию от yseq - удивило что щёточки нужно сушить полчаса, у ftdna щёточки после соскоба сразу помещаются в герметичные контейнеры с какой-то жидкостью и укупориваются.

Кстати, c Техаса (Хьюстон, оф. FTDNA) пакет шёл 15 дней, столько же обратно.

Иван Зыков
Аватар пользователя Иван Зыков
Администратор

Не в сети
Последнее посещение: 1 час 41 секунда назад
Регистрация: 05.01.2011 - 21:04

Пришёл сегодня комплект! Собрал материал, завтра буду отправлять. Интересно, материал не пострадает на холоде?

Страницы